เมื่อทำการวิเคราะห์ GC-FID ห้องปฏิบัติการส่วนใหญ่จะหาจำนวนของสารประกอบโดยการใช้พื้นที่ของสัญญาณ FID ตัวอย่างในโลกแห่งความเป็นจริงไม่ค่อยสะอาดและสัญญาณที่ได้ ไม่ตรงไปตรงมาอย่างนั้น ตัวอย่างเช่น ตัวอย่างดีเซลสามารถมีสารประกอบต่างๆ ได้หลายพันชนิดในการฉีดครั้งเดียว ยิ่งมีสารประกอบในตัวอย่างมากขึ้นเท่าใด โอกาสที่จะเกิดการ Coelution ก็จะยิ่งสูงขึ้น; ด้วยการเกิด Coelution ที่สูงขึ้นนี้จะไปเพิ่มสัญญาณจาก FID สูงขึ้นมา ด้วยเหตุนี้ทำให้เกิดข้อผิดพลาดสสูงขึ้นในการวัดค่า ด้วยระบบ GCxGC จะทำการแยกโครมาโตกราฟีออกสองครั้งใน หนึ่งการทดสอบ ความถูกต้องของการวัด FID จึงจะสามารถรักษารายละเอียดไว้ได้

เนื่องจากตามธรรมชาติของกลไกการแยกตัวของสารที่เกิดขึ้นใน GCxGCเป็นไปในแนวตั้งฉาก, สารประกอบ coeluting จะถูกดึงออกจากกันอย่างง่ายดายในการวิเคราะห์เพียงครั้งเดียว เครื่องมือ GCxGC ที่แท้จริงอย่าง LECO QuadJet SD ใช้วิธีการง่ายๆ โดยการให้ตัวอย่างตัวเดียวกันไหลผ่านสองคอลัมน์ที่ต่างเฟสกัน และทำงานผสานร่วมกับอุปกรณ์มอดูเลต สารหลายชนิดจากตัวอย่างที่ถูกชะออกจากคอลัมน์แรกจะถูกแบ่งตามขนาดออกเป็นส่วนย่อยๆ เล็กลงไป ก่อนปล่อยลงในคอลัมน์ที่สอง ในส่วนนี้จะทำไปพร้อมๆ กับการหยุดยั้งสารด้วยความเย็นของโมดูเลเตอร์ ซึ่งสามารถส่งพีคที่มีความกว้างพีค (Peak widths) เพียง 50 มิลลิวินาที ไปยังคอลัมน์ที่สองได้